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注意因返潮變質，尿素易吸濕，會造成氮揮發損失；硝酸銨吸濕性很強，易結塊、潮解；石灰氮和過磷酸鈣吸濕后易結塊，從而影響使用效果。因此，這些化肥應存放在干燥、陰涼處，以防止受潮，尤其是碳酸氫銨儲存時包裝要密封牢固，避免與空氣接觸。
注意防火避日曬，氮素化肥經日曬或遇高溫后，氮的揮發損失會加快；硝酸銨遇高溫會分解氧化，遇火會燃燒，特別是已結塊的切勿用鐵錘重擊，以防爆炸。因此氮素化肥儲存時應避免日曬、嚴禁煙火。
注意因揮發而損失，氨水、碳酸氫銨都是極易揮發損失的，所以儲存時要密封。更不能將氮素化肥、過磷酸鈣與堿性物質（石灰、草木灰等）混合堆放，否則會導致氮素化肥揮發及磷肥失效。
注意防腐蝕毒害，由于過磷酸鈣具有腐蝕性，所以要防止其與皮膚、金屬器具接觸；氨水對銅、鐵有強烈腐蝕性，宜儲存于陶瓷、塑料、木制容器中。此外，化肥不能與種子堆放在一起，也不要用化肥袋裝種子。
