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1．在出菇期間，使用農藥要十分慎重，農藥沾染在蘑菇上，會造成食品污染。現在世界各國對食品中的殘留農藥檢驗都非常嚴格，農藥殘留會影響產品的質量和市場競爭能力。
2．禁止直接將有劇毒的有機汞、有機磷等藥劑用于拌料、堆料；殘效期長，不易分解及有刺激性臭味的農藥，也不能用于菇床。特別是床面有菇時，絕對禁止使用毒性強、殘效期長或帶有刺激性臭味的藥劑。
3．防治食用菌病蟲害，應選用高效、低毒、低殘留的藥劑，并根據防治對象選擇藥劑種類和使用濃度。如敵敵畏具熏殺和觸殺作用，對菇蠅類的成蟲、幼蟲以及跳蟲有特效，但對螨類殺傷力差；辛硫磷是一種新型高效、低毒、低殘留的有機磷殺蟲劑，除對菇蠅、跳蟲有特效外，對螨類亦有良好的觸殺作用，藥效優于敵敵畏；若用辛硫磷加殺螨劑防治螨類，則效果優于其他農藥。施藥要選擇合適濃度，辛硫磷加殺螨劑，從堆肥到出菇期前各用500倍液防螨，但籽實體發育階段濃度應降到1000倍液。
4．使用農藥時，要先熟悉農藥性質。濫用農藥，有時會在覆土層或培養料表面形成一層有毒物質，影響菌絲生長，造成減產。
5．盡可能使用植物性殺蟲劑和微生態制劑，如除蟲菊、魚藤精、增產菌等制劑。
6．保護天敵，不可濫用農藥。
